先日、「社会保険料の端数処理について」というタイトルでブログを書きましたが、
コメントでご質問を頂いたので追記します。
# 公開コメントなので良いかな、と。
もし削除した方が良ければご質問者の方、メッセージくださいませ。
ご質問頂いた内容は以下の２点でした。
＞
＞給与から控除する（天引きする）場合
＞被保険者が事業主に現金で支払う場合
＞と２パターンで端数処理が異なるようですが、
＞
＞質問１
＞５０銭の場合、被保険者が支払う金額が１円異なりますが、何か意味があるのでしょうか？
＞
＞質問２
＞被保険者が事業主に現金で支払うとうケースは実際にはあるのでしょうか？
＞
【質問１】
「特に意味はないが、法律通り取り扱うと、結果的に１円異なることになる」ということではないか、と思います。
端数処理については「通貨の単位及び貨幣の発行等に関する法律(昭和62年法律第42号)」第3条で以下のように定められています。
「債務の弁済を現金の支払により行う場合において、その支払うべき金額（中略）に
五十銭未満の端数があるとき（中略）は、
その端数金額（中略）を切り捨てて計算するものとし、
その支払うべき金額に五十銭以上一円未満の端数があるとき（中略）は、
その端数金額（中略）を一円として計算するものとする。（後略）」
要は「債務の弁済額に50銭未満の端数があるときには切り捨て、50銭以上1円未満のときには切り上げる」ということです。
ポイントは何が「債務の弁済額」にあたるか、です。
〈給与から控除する（天引きする）場合〉
これは「給与額」が「債務の弁済額」にあたります。
したがって「給与額（天引き後の額）」に「５０銭」がある場合に切り上げることになりますので、
結果として、天引き額（社会保険料の負担額）の「５０銭」は切り捨てられたことになります。
〈被保険者が事業主に現金で支払う場合〉
「事業主に支払う現金額」が「債務の弁済額」にあたります。
したがって社会保険料の負担額の「５０銭」は切り上げられます。
※ここは社会保険労務士というよりは法律解釈ですので、やや専門外の部分です。
もし誤解がありましたらご指摘頂ければ幸いです。
※【追記】
雇用保険に関する記載ですが、和歌山県労働局の説明が分かりやすいと思います。
雇用保険の被保険者負担額の端数処理について
【質問２】
よくあるのは病気休職されているケースではないか、と思います。
育児休業中、或いは（昨年４月から）産前産後休業中は社会保険料が免除されますが、
病気休職の際には免除されません。
雇用保険料は給与に対する定率で従業員負担額が決まりますので、
給与がゼロであれば従業員が負担する必要はありませんが、
社会保険料は定額でかかってきますので
病気休職の際も休職前の標準報酬月額に対する保険料の支払が発生します。
ですので、従業員負担分を「回収」する必要があります。
